在对湖泊治理进行生物操纵管理之前，应该对所用的方法进行理论和应用方面的评价，建立适当的管理设施和组织，并以实现管理目标为基础制定出详细的工作计划。生物操控规划阶段还应详尽地征求所有者和公众的意见。此外，应防止肉食性鱼类和其他有价值的物种从未管理区迁徒进入管理区，这一点对于管理规划十分关键。对于一些需削减鱼群的湖泊，还应做好必要的准备工作，包括捕捞、运输和最终使用归宿等。对于小型湖泊而言, 当地居民的参与比较重要；对于大型湖泊而言，其管理规划必须要有有经验的专业渔民的参与，因为他们拥有捕捞、运输鱼类的技术和必要的设备以及器具。
由于捕鱼和生物操纵对鱼类群落的生物和物理化学影响是不断变化的，因此，对湖泊治理进行实时、连续监测也很重要，这样，管理者可以根据管理目标的状态来不断调整管理策略， 以找到合适的方法进行湖泊治理的恢复与管理。
