水资源保护和水体污染控制要从两方面着手：一方面制订水体的环境质量标准，保证水体质量和水域使用目的；另一方面要制订污水排放标准，对必须排放的工业废水和生活污水进行必要而适当的处理。对水质要求最基本的是《地表水环境质量标准》，由国家环保总局发布GB3838-2002。GB表示国标，3838表示标准号，2002表示发布年代。
中国水环境污染严重，主要超标项目是有机物和氨氮，这与中国城镇生活污水没得到有效处理有关。
水中有机物含量高时会直接影响水的臭与味，让人厌恶。人们对水中有机物的危害的关注，从有毒有害有机物到三致（致畸、致突变、致癌）物质又发展到内分泌干扰物（类激素）。一般水中有机物是微量的，甚至是痕量的，要从人类健康上反映，需要有个长期的过程（20～30年）。我们能够测出并研究其对人类健康影响的水中有机物才数百种，随着分析测定方法与分析仪器的发展、提高，能被测出的有机物将越来越多，而这些有机物对人的危害的全面研究也需时日，所以当我们尚未认识它们的危害前，对其总量（也即宏观上）进行一定的控制，对中国人民未来健康是必要的。
水污染防治办法
根据中国水污染防治法（1996年修订）第20条规定：“省级以上人民政府可以依法划定生活饮用水地表水源保护区，生活饮用水地表水源保护区分为一级保护区和其他等级保护区。在生活饮用水地表水源取水口附近可以划定一定的水域和陆域为一级保护区。在生活饮用水地表水源一级保护区外，可以划定一定的水域和陆域为其他等级保护区。……对生活饮用水水源保护的具体办法由国务院规定”。
2000年3月20日国务院令颁布了水污染防治法实施细则，其第21条明确规定：“生活饮用水地表水源一级保护区内的水质适用国家'地表水环境质量标准Ⅱ类标准，二级保护区内的水质适用国家Ⅲ类标准。”Ⅱ类标准中关于有机物综合性指标有CODCr，BOD5与高锰酸盐指数（即耗氧量CODMn），相应的限值是15 mg/L，3 mg/L与4 mg/L。
新的卫生规范中“水源选择及水质要求”5.1.7规定水源水中耗氧量不应超过4 mg/L，五日生化需氧量不应超过3 mg/L。规范5.3中明确：水质不符合5.1节和附录A中规定时，不宜作为生活饮用水水质，若限于条件需加以利用时，应采用相应的净化工艺进行处理，处理后的水应符合规定并取得卫生行政部门的标准。作为集中供水水源水质要求，必须是Ⅱ类标准， 当水源水质达不到要求时，就应加强处理使其达到水质标准而不是牵就现状，降低标准。
